新冠病毒变种报告20230524

宏观变异趋势

XBB*统治的总体趋势仍在继续。在4月底收集的序列中,只有约5-10%是非XBB*,低于月底的15-20%和2月底的0-5%。

XBB*现在在中国、韩国和日本明显占主导地位,在一个月前撰写上一份报告时,这些国家的非XBB*比例相对较大。

下图显示了按大洲分组的特定国家/地区的非XBB*比例。(所有通过GISAID数据cov-spectrum.org生成的图)

虽然XBB*优势的时间因大陆和国家而异,但在各大洲有数据的所有国家中,XBB至少占序列的80%,唯一的例外是大洋洲,新西兰在4月初有40%的非XBB*。

显著的剩余非XBB*多样性

BN.1*(=BA.2.75.5.1*)

唯一显示BN.1*增长的国家是中国,最近约占4%。然而,XBB*似乎明显优于BN.1*

过去在东亚(韩国/日本)很常见,但XBB*现在已经接管了

最有趣的子谱系:FR.1(S:E)在台湾/中国

CH.1.1*(=BA.2.75..4.1.1.1.1*)

曾经在欧洲/大洋洲很常见,在新西兰和丹麦仍然适用

最有趣的子谱系:FK.1*(S:DG,S:Q61H)在新西兰,澳大利亚,丹麦

BA.2..20*

曾经在菲律宾很常见,但没有最近的数据

最有趣的子谱系:FV.1(S:KN,S:R46T,S:GS,S:FS)可能在日本,香港,韩国增长,但仍处于非常低的水平

XBC*

德尔塔-奥密克戎重组

常见于菲律宾和澳大利亚

最有趣的子谱系:XBC.1.6(额外的S:R46S,S:LR)几乎只在澳大利亚

到目前为止,没有证据表明澳大利亚以外的XBC.1.6*持续增长

XAY*

德尔塔-奥密克戎重组

首先在南非发现。在德国/丹麦成立。在南非消失了。

最有趣的子谱系:XAY.1.1*添加了S:R46T,在德国一直稳定在1%左右。偶尔在世界各地发现,但似乎增长不多。

BA.5*

BA.5*及其子谱系BQ.1*继续呈下降趋势

XBB*趋势

S:P基本固定

S:P基本上已固定在XBB*中,现在几乎没有S:S了:

S:P已在许多XBB*子谱系中独立获得。一些谱系似乎比其他谱系具有增长优势:

XBB.1.5*是第一个已知的S:P谱系,但其份额正在下降

XBB.1.9.1*和XBB.1.9.2*似乎比XBB.1.5具有增长优势,尽管没有尖峰差异

XBB.2.*也超过了XBB.1.5,它与上述产品的不同之处在于具有S:25G而不是S:V和额外的S:S

S:R在XBB*内保持增长

S:R的加入似乎赋予了XBB*+S:P谱系的增长优势。最近全球大约五分之一的XBB*+P也获得了R,高于2月份的不到1%:

XBB*+P谱系与R的选择包括:

XBB.1.16(也有S:V)

XBB.2..8和XBB.2..11(也有S:S和S:25G而不是S:V)

EG.2(XBB.1.9.2.2)

XBB.1.5.28

S:L也有潜在的益处

正如深度突变扫描实验所预测的那样,S:L是XBB*中另一种有益的免疫逃逸突变,尽管其生长优势比S:R小一些。5月初,全球约5%的XBB*序列也含有S:L

S:L的血统包括:

FD.1.1(XBB.1.5.15.1.1,加拿大)

XBB.1.5.10

XBB.1.5.59

FE.1*(XBB.1.18.1.1*,在巴西占主导地位)

EG.5(XBB.1.9.2.5*,印度尼西亚/中国)

目前尚不清楚L和R的共存是否比单独使用它们中的任何一个都有益。到目前为止,只有个序列具有这两种突变。在撰写本文时,XBB*+S:P+S:L+S:R的组合仅在8个序列中观察到,主要是在XBB.1.16子谱系XBB.1.16.6中。

其他稍微有益的突变

S:61H(已经有5%的XBB*序列和P)

S:S(定义XBB.2.*,在5P的XBB*序列的~%中)

除了P之外,S:LF+S:FL的组合在L之外可能是有益的。谱系XBB.1.5.70似乎在巴西增长。

随时间和区域变化的测序量

随时间推移的提交量以及各种提交延迟

收集日期在截止日期后X个月内的序列数(以千为单位):

按区域和截止时间分列的提交量

在-05-24上,收集日期在X个月内的序列数:

所有数据均来自GISAID通过covSpectrum。




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